ePubのドキュメントをスクリプトで自動作成する前に、まずDocBook形式でドキュメントを作成しておけば、DocBookから他書式へ変換するスクリプトが既に存在する為、PDF出力へも容易に対応出来るようだ。

変換スクリプトはPythonで記述されている事が多いので、Pythonを多少理解する必要がある。

参考にしたサイト
http://www.kobu.com/docs/docbook/index.htm
http://www.ibm.com/developerworks/xml/tutorials/x-epubtut/section5.html

追記
その後ePub, DocBookの調査を続ける内に、DocBookフォーマットでドキュメントを作成するよりは、HTMLからePub書式に変換する、または直接ePub形式でドキュメントを作成する方がHTMLに慣れた人にとっては簡単である事がわかりました。
したがって最終的に必要なドキュメントがePub形式だけである場合は、DocBook形式のドキュメントを作成する必然性は薄いように思えます。